Zadaniem inspektoratu jest weterynaryjna odprawa produktów pochodzenia zwierzęcego jak i zwierząt , wyjeżdżających i wjeżdżających na terytorium Unii Europejskiej. Główną rolą zaś jest ochrona zdrowia ludzi i zwierząt poprzez szczegółową kontrolę stanu sanitarnego produktów pochodzenia zwierzęcego i stanu zdrowia zwierząt wprowadzanych na terytorium Wspólnoty Europejskiej .